Чепреганов е роден на 20 септември 1955 година во Штип, каде завршил основно училиште. Гимназија завршил во Скопје, а дипломирал на Филозофскиот факултет во Скопје на Група историја во 1979 година. Магистрирал во 1989 година на тема „Одгласот на ослободителната војна и револуција во Југославија во печатот на САД (1941-мај 1945) со осврт на Македонија“, а докторирал во 1993 година на тема „Велика Британија и македонското прашање во светлината на меѓународните односи (2 август 1944 – 1949)“, на Универзитетот „Св. Кирил и Методиј“ во Скопје.
Во учебните 1995-2000 година во рамките на програмата „Study Abroad at UKIM“, го предавал предметот „Историја на балканските народи“. Бил раководител и соработник на 20 домашни и странски реализирани проекти од историјата на Балканот и Македонија. Декан е на последипломските студии на Институтот за национална историја и ангажиран во наставата на истите од 1998 година. Бил ментор на повеќе кандидати за магистерски и докторски дисертации; член на повеќе организации и асоцијации во земјата и странство; член на редакции на научни списанија; член на комисии од рамките на Министерството за образование и наука.
Професорот Тодор Чепреганов вчера замина во пензија. Човекот кој остави длабока трага во македонската Историја и човекот кој во целата кариера се бореше за вистината на Македонија. Среќно професоре!
