Роден е во Дамаск од угледни родители. Откако насобра светска мудрост, не се задоволи и тргна да ја собира единствено духовната. Во Лаврата на свети Теодосиј се најде со монахот Јован Мосх кого го зеде за свој учител и тргнаа заедно да ги обиколуваат манастирите и подвижниците во Египет. Нивното мото беше: „секој ден стекни што повеќе духовна мудрост“. Сè што знаеја запишаа, а потоа го издадоа во две книги под името „Лемонариум“ (на словенски преведен како „Духовна полјана“). Подоцна заминаа во Рим, каде Мосх умре, а на Софрониј му порача да го пренесе или на Синај или во Теодосиевата Лавра. Софрониј му ја исполни желбата и го однесе телото на својот учител во Лаврата на свети Теодосиј, а самиот се задржа во Јерусалим, којшто во тоа време беше ослободен од Персијците. Присуствуваше на враќањето на Чесниот Крст од Персија, кога царот Ираклиј на своите плеќи го внесе Крстот во Светиот Град. Стариот патријарх Захарија исто така вратен од ропство не поживеа долго, па кога се пресели во оној свет, го замени Модест (+364), а после него за патријарх беше поставен блажениот Софрониј. Тој со особена мудрост и ревност управуваше со Црквата десет години. Застана во одбрана на Православието од монотелитската ерес, којашто тој на својот собор во Јерусалим ја осуди уште пред таа да биде осудена на Шестиот Вселенски Собор. Го напиша житието на света Марија Египетска, го состави чинот на Водосвет и воведе нови химни и песни во разни богослужби. Кога арапскиот калиф Омар го освои Јерусалим, Свети Софрониј го замоли да ги поштеди христијаните, а Омар вети дека тоа ќе го стори. Но, кога потоа калифот почна да ги ограбува и малтретира христијаните во Јерусалим, Софрониј од дното на срцето Го молеше Бога да го земе од живите на земјата за да не го гледа осквернувањето на светоста. И Бог ја услиши неговата молитва, па го зеде кај Себе во 644 година.